紐約市下水道，四隻小海龜和一隻小老鼠由於接觸了含有放射性物質的凝膠而變異為巨大的人化生物。暴躁衝動卻富有激情的拉斐爾（喬什·帕斯 Josh Pais飾），幽

忍者神龜們發現了變種物質的泄漏之處,但史萊德同時也發現這一秘密,於是他們之間又展開了新一輪的戰鬥,而忍者神龜們也在戰鬥中得到了提高!